用 Markdown 共同维护序列比对领域的算法介绍、软件指南、数据资源和课题组论文。
课题组成员通过修改 Markdown、提交 Pull Request（PR）更新网站。没有仓库写权限时，先 Fork 到个人账号，再提交 PR。
- 在下面的目录中找到要修改的 Markdown 文件。
- 在 GitHub 文件页点击铅笔图标，修改并预览正文。
- 将改动提交到新分支，向
malabz/new-msa-website的main分支创建 PR。 - 等待自动检查和维护者审阅；合并后网站自动更新。
具体步骤见网页修改说明；完整网站预览见Codespaces 与本地预览说明。
| 栏目 | 文档目录 | 适合贡献的内容 |
|---|---|---|
| 比对基础 | docs/basics/ | 双序列、多序列、基因组比对与评价指标 |
| 重比对 | docs/realignment/ | 重比对思路、独立工具与 MSA 中的迭代改进 |
| 数据与评测 | docs/data/ | 数据集入口、模拟数据与使用说明 |
| 软件指南 | docs/software/ | 课题组软件、第三方工具与安装经验 |
| 开发工具 | docs/development/ | 数据处理脚本与开发库 |
| 论文成果 | docs/publications/ | 论文信息、研究方向与相关软件 |
图片统一放在 docs/public/images/。在已有栏目新增 .md 文件后，导航会自动更新；文章模板、图片、公式和代码示例见新增文章与常用 Markdown。
安装 Node.js 24 并克隆仓库后，Windows 双击 preview.cmd，macOS/Linux/WSL 执行 bash preview.sh。启动器会准备依赖并显示预览地址，保存 Markdown 后页面自动更新。
熟悉命令行也可以执行：
npm ci
npm run dev建议一项主题使用一个分支、一个 PR。main 保存源码；合并后 GitHub Actions 自动检查并编译，通过后更新 site 发布分支，服务器每 5 分钟检查新版本。生成网页不放入源码分支，上线需要等待构建完成及下一次服务器检查。
- 贡献指南：CONTRIBUTING.md，包含编辑、预览和 PR 流程。
- 问题反馈：Issues。
- 部署说明：DEPLOYMENT.md。文档维护无需操作服务器或修改生成的 HTML。
- 主题维护：THEME.md，供维护者调整阅读界面；普通内容贡献无需修改主题。