Esse repositório contem as notas de aula e notebooks em Python para o curso EQE595 - Modelagem e Simulação Molecular da Escola de Química - UFRJ.
O curso é desenvolvido para estudantes de graduação em Engenharia de Bioprocessos, Engenharia Química e áreas afins.
O foco é no aprofundamento dos conceitos teóricos e métodos computacionais para a resolução de problemas envolvendo simulação molecular de macromoléculas, biomoléculas, entre outros sistemas de interesse.
Horário de aulas: 3a, 9:00-12:00
Sala de Aula: I224
Calendário: 10/Mar – 07/Jul (~17 encontros)
A ementa e as informações gerais para a edição do curso em 2026/1 estão disponíveis aqui.
Método de Trabalho:
Aulas teórico-práticas em laboratório de computação com realização de exercícios em aula e listas de exercício extra-classe. Utilização de softwares livres como Python e OpenMM.
Critérios de Avaliação
- 20% de Presença e Participação
- 30% de Listas de Exercícios (~06 listas)
- 50% de Projeto Final
Notas de aula e códigos
- Introdução ao Python
- Interação de Lennard-Jones
- Ensemble NVE e integrador de Verlet
- Ensemble NVT e integrador de Langevin
- Ensemble NPT
- Água e Campos de Força
- Soluto e Solvente
- Integração Termodinâmica
- Newman, M. (2013). Computational physics. CreateSpace Independent Publishing Platform.
- Landau, R. H., Páez, M. J., & Bordeianu, C. C. (2024). Computational physics: Problem solving with Python, 4th Edition. John Wiley & Sons.
- Frenkel, D., & Smit, B. (2023). Understanding molecular simulation: from algorithms to applications, 3rd Edition. Elsevier.
- Allen, M. P., & Tildesley, D. J. (2017). Computer simulation of liquids, 2nd Edition. Oxford university press.
e-mail: elvis@peq.coppe.ufrj.br